因東莞人力資源素質差異和管理者管理水平差異，導致部門之間整體績效水平的差異，管理者對下屬和員工對自身的要求不同將影響績效考核的結果。

管理者在績效考核中如果不能正確處理這種差異，會影響績效考核的公正性、公平性，產生如下后果：

（1）整體績效相對優秀的部門主管為了維護本部門員工的積極性和相對公平性，可能采取一些方法縮短與部門平均績效的差距，從而降低對部門員工的工作標準要求，這樣會使員工失去追求更高目標的熱情和動力。

（2）部門績效較差的員工因薪酬水平和部門績效高的員工無差異，考核結果對其未形成壓力，因此就不會主動改進績效，提高績效水平。

（3）員工思考和處理問題時只從自身利益出發，缺乏大局觀念和全局觀念。

二、部分部門工作績效效益不能從員工工作績效中反映，而在部門績效中得到反映，尤其是那些需要部門整體合作才能完成的工作。

如果只對員工績效進行考核，會掩蓋部門、組織的工作，員工就會忽視對部門、組織的責任感和缺乏整體觀念。所以，如何正確處理部門績效與員工績效的關系，特別當員工績效和部門績效生沖突時，二者績效的合理評價和密切結合是解決問題的關鍵。